Untuk mendukung tercapainya tujuan pendirian Yayasan Milenial Madura, disusun sejumlah program kegiatan yayasan yang berfokus pada 4 (empat) bidang kegiatan; yaitu
1. Bidang Ekonomi
Dalam bidang ekonomi, Yayasan Milenial Madura bekerja sama dengan sejumlah pondok pesantren di Kabupaten Sumenep Madura menjalankan sejumlah kegiatan pemberdayaan ekonomi masyarakat miskin dengan memanfaatkan sumber pendanaan Zakat Infak Sedekah dan Wakaf. Sumber pendanaan tersebut akan digunakan sebagai sumber pendanaan kegiatan ekonomi masyarakat yang berada di bawah garis kemiskinan dalam bentuk kegiatan produktif., selain digunakan sebagai sarana karitatif.
2. Bidang Pendidikan
Dalam bidang pendidikan, Yayasan Milenial Madura bekerja sama dengan sejumlah pondok pesantren di Kabupaten Sumenep Madura menyelenggarakan kegiatan-kegiatan pelatihan kepada kaum muda agar dapat memiliki keahlian untuk berwiraswasta atau keahlian yang dapat digunakan di dunia kerja.
3. Bidang Kesehatan
Dalam bidang kesehatan, Yayasan Milenial Madura akan menyelenggarakan sejumlah kegiatan yang berkaitan dengan kesehatan di Kabupaten Sumenep Madura, diantaranya donor darah, sosialisasi masalah penyakit dan pencegahannya kepada masyarakat dan penyediaan mobil ambulance gratis.
4. Bidang Lingkungan Hidup
Dalam bidang lingkungan hidup, Yayasan Milenial Madura menyelenggarakan sejumlah kegiatan yang berkaitan dengan persoalan lingkungan hidup, seperti pelestarian lingkungan hidup, serta persoalan sampah dan polusi baik di darat, udara maupun air.